30 april 1945. Berlijn ligt volledig in puin en is omsingeld door Russische troepen, hongerig naar overwinning, wraak en Duits bloed. Een jonge vrouw die haar man voor haar ogen gefusilleerd zag worden, meemaakte dat haar buurman zich ophing en daarna werd verkracht door Russische soldaten, wordt door twee hoge Duitse militairen van straat geplukt. Ondertussen, in een bunker diep onder de rijkskanselarij, realiseren Adolf Hitler en zijn gevolg zich dat hun situatie uitzichtloos is. Hitler wil koste wat kost voorkomen dat hij in handen van de Russen valt en pleegt samen met Eva Braun zelfmoord.
23 januari 1965. Op het Nederlandse vliegkamp Valkenburg kapen twee jonge vliegtuigmonteurs een viermotorig toestel. Hoewel ze geen enkele vliegervaring hebben, weten ze de Lockheed Neptune toch de lucht in te krijgen. Maar niet voor lang; enkele minuten nadat ze zijn opgestegen, storten ze in de Noordzee. Niemand begrijpt wat de mannen dreef tot deze daad, waarvan ze moeten hebben geweten dat ze hem onmogelijk konden overleven. De marineleiding gooit het op een dronkenmanstunt, getuigen die zeggen te weten dat de jongens nuchter waren, krijgen een spreekverbod. Waarom ze dan wel moedwillig hun dood tegemoet vlogen, blijft een mysterie dat in de jaren die volgen in vergetelheid raakt.
2018. Een in zichzelf gekeerde man betrekt een villa aan zee. Hij brengt zijn dagen door met lange wandelingen door de duinen en over het strand, terwijl de dorpelingen zich afvragen hoe hij dat dure huis heeft kunnen betalen en waar hij van leeft. Tijdens een van zijn tochten ontmoet de man een vrouw uit het dorp. Ze raken bevriend en op een dag toont de vrouw hem een foto die haar vader haar vlak voor zijn dood gaf. Het oude zwart-witportret van een moeder met haar kind lijkt onschuldig, maar dan ontdekt de man beetje bij beetje de verbijsterende feiten achter die ogenschijnlijk eenvoudige plaat.
Drie verschillende gebeurtenissen in drie verschillende tijden blijken nauw met elkaar te zijn verweven. Een man die tegen een gruwelijke prijs heeft geleerd dat zelfs feiten soms niet te vertrouwen zijn, stuit op feiten die te angstaanjagend zijn om ze wel te vertrouwen. Wanneer hij besluit ze toch na te jagen, komt hij erachter dat er een macht is die niet is gediend van zijn nieuwsgierigheid.
Hitlers Zoon is een historische fact-fiction-thriller die zich afspeelt tegen de achtergrond van de nadagen van de tweede wereldoorlog. De vrijheid is herwonnen en de nazi’s lijken verslagen, maar zijn ze dat wel echt?